Влітку 1936 року в Іспанії розпочалася громадянська війна. У цьому конфлікті Німеччина підтримувала націоналістів і допомагала їм, таємно постачаючи озброєння. Протягом осені 1936 – весни 1937 років до Іспанії для проведення випробувань у бойових умовах було відправлено п’ять літаків Hs 123A, і вони увійшли до складу експериментального підрозділу VJ/88. Підрозділ, у свою чергу, був частиною німецького Легіону «Кондор», який мав на озброєнні літаки кількох типів. Hs 123A офіційно вважалися винищувачами, але застосовувалися переважно як штурмовики. Їхньою першою бойовою операцією стали бої за Малагу.
У якості літаків безпосередньої підтримки наземних військ Hs 123 показали себе з найкращого боку, демонструючи високу живучість та здатність діяти з коротких непідготовлених майданчиків. Також було відзначено чудове поєднання швидкості та маневреності – будучи пошкодженими, Hs 123 були в змозі відірватися від винищувачів, вдаючись до крутого пікірування. З п’яти літаків три було втрачено, а два згодом були передані до складу військово-повітряних сил націоналістів. У 1939 року Іспанією додатково було замовлено ще 12 таких літаків, і вони перебували на озброєнні до 1949 року.