З весни 1941 року випускалися літаки Ju 88A-4 з двигунами рідинного охолодження Jumo 211J підвищеної потужності і більш потужним озброєнням.
Ju 88A-14 відрізнявся встановленням гармати MG FF у підфюзеляжній частині гондоли. Ці літаки використовувалися в першу чергу в протикорабельній ролі над Атлантикою, Балтійським і Середземним морями в 1941-1943 роках.